对于做试管婴儿医生会用显微镜知道胚胎性别吗这个问题，答案是不能。胚胎学家主要是利用显微镜观察胚胎的碎片率及发育节奏等，对胚胎外观进行观察和评估，挑选出质量高、发育速度合适的胚胎，用于移植，以提高移植的成功率，而无法用这些指标肉眼识别出胚胎的性别。
试管婴儿技术分为第一代、第二代、第三代，只有第三代试管婴儿技术是可以做性别检测的。
三代试管技术过程
精子卵子取出来之后，第三代试管婴儿技术需要把受精卵培养到第5天， 胚胎成功分裂成囊胚之后，再对囊胚的外层细胞滋养层进行切片检测，（即胚胎植入前遗传学检测PGD）, 从这个过程中就能够知道胚胎是否有染色体结构的异常，以及能够知道胚胎的性别了。
PGD通常是用在准备用试管方式怀孕的女方卵子被采集并和男方的精子受精之后形成胚胎,在胚胎移植进女方子宫之前进行。当胚胎发育到四至八个细胞的阶段时,利用显微外科技术将胚胎中的一个或两个细胞(称为卵裂球)取出。然后将细胞中的DNA加以分析，以检查其是否有遗传性疾病。如果有任何异常,其检验结果将被告知患者。然后,由患者来决定将哪些胚胎进行移植。
截止到2020年12月底，国内共有80家医院及机构拿到第三代试管婴儿技术的营业执照，医院不仅少， 而且因为政策的原因医生是不能把性染色体的监测结果告知患者的。所以没办法让医生帮患者选择性别，除非医生愿意冒着被吊销执照的风险帮忙走关系。
但是国外的第三代试管婴儿技术不仅比较成熟，成功率比较高，而且在胚胎合成好后可以知道所有合格胚胎的质量等级和性别的，也可以根据客户的意愿选择想要移植的胚胎。因而会有各种需求的家庭想到国外做试管婴儿，美国、泰国都是热选地。
